Conforma la organización una Junta Directiva nombrada por la Asamblea de Miembros. La Junta para el período 2016-2018 la integran:
Presidenta: Dra. Aída Pérez de Saturno.
Vicepresidenta: Lcda. Delia Mondragón.
Tesorera: Lcda. Maria Cornieles.
Secretaria: Dra. Alema Román y
Vocales: Dra. Luz Mila González, Lcda. Nancy Brandt y Lcda. Yelitze López.
El equipo operativo es coordinado por la Directora General (Econ. Ana T. Pérez), nombrada por la Junta Directiva y consta de un equipo multidisciplinario de profesionales de diferentes especialidades, formadas en la atención integral en salud sexual y reproductiva y en el manejo y atención de situaciones de violencia basada en género.
El equipo de profesionales está integrado por 8 médicos y médicas gineco obstetras, 1 médica angióloga, 2 médicas imagenólogas especializadas en mamas, 2 médicos cirujanos especialista en mamas, 3 psicólogas clínicas, 1 psicopedagoga, 1 abogada criminóloga, 1 trabajadora social y 1 licenciada en desarrollo humano.